En relación al informe presentado por ACIJ sobre las deficiencias en el control de los ferrocarriles argentinos, el diario Clarín publicó una nota sobre las deficiencias del servicio ferroviario.
Un informe de la Asociación Civil por la Igualdad y la Justicia señala múltiples deficiencias en los servicios ferroviarios y critica fuertemente al Gobierno y la Justicia por las fallas en los controles . Además, afirma que los usuarios del ferrocarril Sarmiento son discriminados respecto de los del Mitre, que viajan en peores trenes aunque ambas líneas son operadas por TBA .
Respecto a la denuncia de discriminación, en 2000 la Unión de Usuarios y Consumidores, junto con ACIJ y la Universidad de Palermo, presentaron una demanda judicial reclamando que los trenes del Mitre son significativamente mejores (más modernos, y hasta con aire acondicionado) que los del Sarmiento. Aseguraron que la diferencia se debe a que los usuarios del Mitre son de una clase social más alta que los del Sarmiento, entre otros argumentos.
En primera instancia, el juez Ernesto Marinelli sentenció que había detectado una “práctica discriminatoria inconstitucional”, y le ordenó al Estado y la empresa que mejoraran el Sarmiento para brindar un servicio digno.
El Estado apeló, y recién en diciembre de 2009 la Cámara de Apelaciones declaró que el Sarmiento había mejorado . Las ONG denunciantes reclamaron ante la Corte Suprema, que desde entonces tiene el caso en su poder.
Además, la ACIJ critica en su informe el mal accionar de la Comisión Nacional de Regulación del Transporte y de la Secretaría de Transporte, que nunca actuaron pese a las numerosas irregularidades cometidas por TBA, según denuncian. También afirma que el Congreso se mostró inactivo pese a los informes críticos de la Auditoría General de la Nación.